Glutamat dehidrogenase

Glutamat dehidrogenase
Pengenal pasti
Nombor EC1.4.1.2
Nombor CAS9001-46-1
Pangkalan data
IntEnzLihat IntEnz
BRENDAEntri BRENDA
ExPASyLihat NiceZyme
KEGGEntri KEGG
MetaCycLaluan metabolik
PRIAMProfil
Struktur PDBRCSB PDB
PDBj
PDBe
PDBsum
Ontologi genAmiGO / EGO
Gelintar
PMCRencana
PubMedRencana
NCBIProtein
Glutamat dehidrogenase
Pengenal pasti
Nombor EC1.4.1.3
Nombor CAS9029-12-3
Pangkalan data
IntEnzLihat IntEnz
BRENDAEntri BRENDA
ExPASyLihat NiceZyme
KEGGEntri KEGG
MetaCycLaluan metabolik
PRIAMProfil
Struktur PDBRCSB PDB
PDBj
PDBe
PDBsum
Ontologi genAmiGO / EGO
Gelintar
PMCRencana
PubMedRencana
NCBIProtein
Glutamat dehidrogenase
Pengenal pasti
Nombor EC1.4.1.4
Nombor CAS9029-11-2
Pangkalan data
IntEnzLihat IntEnz
BRENDAEntri BRENDA
ExPASyLihat NiceZyme
KEGGEntri KEGG
MetaCycLaluan metabolik
PRIAMProfil
Struktur PDBRCSB PDB
PDBj
PDBe
PDBsum
Ontologi genAmiGO / EGO
Gelintar
PMCRencana
PubMedRencana
NCBIProtein

Glutamat dehidrogenase (GLDH, GDH) ialah enzim yang wujud dalam kedua-dua prokariot dan mitokondrion eukariot, dan bertindak dalam pertukaran glutamat kepada α-ketoglutarat. Tindak balas ini juga menghasilkan ammonia yang diproses secara kanonik sebagai substrat kitaran urea dalam eukariot.

Lazimnya, tindak balas α-ketoglutarat kepada glutamat tidak wujud dalam mamalia kerana keseimbangan glutamat dehidrogenase memihak kepada penghasilan ammonia dan α-ketoglutarat. Glutamat dehidrogenase juga mempunyai pertalian yang sangat rendah terhadap ammonia (pemalar Michaelis, K m {\displaystyle K_{m}} , yang tinggi, kira-kira 1 mM), dan oleh itu, paras ammonia perlu begitu tinggi di dalam badan agar tindak balas terbalik diteruskan (iaitu, α-ketoglutarat dan ammonia kepada glutamat dan NAD(P)+). Walau bagaimanapun, dalam otak, nisbah NAD+/NADH dalam mitokondria otak menggalakkan penyahaminaan oksidatif (glutamat kepada α-ketoglutarat dan ammonia).[1] Dalam bakteria, ammonia diasimilasikan kepada asid amino melalui glutamat dan aminotransferase.[2] Dalam tumbuhan, enzim boleh bekerja dalam mana-mana arah bergantung kepada persekitaran dan tekanan.[3][4] Tumbuhan transgenik yang mengekspresikan GLDH mikrob dipertingkatkan toleransinya terhadap racun herba, kekurangan air dan jangkitan patogen.[5] Mereka lebih bernilai daripada segi nutrisi.[6]

Enzim ini mewakili jambatan utama antara laluan katabolik dan anabolik, dan oleh itu, banyak terdapat dalam eukariota. Dalam, manusia gen yang berkaitan dipanggil GLUD1 (glutamat dehidrogenase 1) dan GLUD2 (glutamat dehidrogenase 2), dan terdapat juga sekurang-kurangnya 8 pseudogen GLDH dalam genom manusia, mungkin mencerminkan pengaruh mikrob pada evolusi eukariota.

Kofaktor

NAD+ (atau NADP+) ialah kofaktor tindak balas glutamat dehidrogenase, menghasilkan α-ketoglutarat dan ammonium sebagai hasil sampingan.[4][7]

Berdasarkan kofaktor yang digunakan, enzim glutamat dehidrogenase dibahagikan kepada tiga kelas berikut:[perlu rujukan]

  • EC 1.4.1.2: L-glutamat + H2O + NAD+ {\displaystyle \rightleftharpoons } 2-oksoglutarat + NH3 + NADH + H+
  • EC 1.4.1.3: L-glutamat + H2O + NAD(P)+ {\displaystyle \rightleftharpoons } 2-oksoglutarat + NH3 + NAD(P)H + H+
  • EC 1.4.1.4: L-glutamat + H2O + NADP+ {\displaystyle \rightleftharpoons } 2-oksoglutarat + NH3 + NADPH + H+

Kawal atur

Dalam mikrob, aktiviti dikawal oleh kepekatan ammonium dan atau ion rubidium bersaiz serupa yang mengikat tapak alosterik di GLDH lalu mengubah Km enzim.[8]

Kawalan GLDH melalui peribosilan ADP amat penting dalam sel beta penghasil insulin. Sel beta merembeskan insulin sebagai tindak balas kepada peningkatan dalam nisbah AT:ADP, dan apabila asid amino dipecahkan oleh GLDH kepada α-ketoglutarat, nisbah ini meningkat lalu lebih banyak insulin dirembeskan. SIRT4 adalah perlu untuk mengawal metabolisme asid amino sebagai kaedah mengawal rembesan insulin dan mengawal tahap glukosa darah.

Hati lembu glutamat dehidrogenase didapati dikawal oleh nukleotida pada akhir 1950-an dan awal 1960-an oleh Carl Frieden.[9][10][11][12] Di samping menerangkan kesan nukleotida seperti ADP, ATP dan GTP, beliau menerangkan kelakuan kinetik NADH dan NADPH yang berbeza secara terperinci. Oleh itu, ia adalah salah satu enzim terawal yang diperhatikan apa yang kemudiannya digambarkan sebagai tingkah laku alosterik.[13]

Pengaktifan GDH mamalia oleh L-leusina dan beberapa asid amino hidrofobik lain juga telah lama diketahui,[14] namun penyetempatan tapak pengikatan tidak jelas. Baru-baru ini, tapak pengikatan alosterik baharu untuk L-leusina telah dikenal pasti dalam enzim mamalia.[15]

Isozim

Manusia menyatakan isozim glutamat dehidrogenase berikut:

Glutamat dehidrogenase 1
Pengenal pasti
SimbolGLUD1
Simbol alternatifGLUD
Gen NCBI2746
HGNC4335
OMIM138130
RefSeqNM_005271
UniProtP00367
Other data
Nombor EC1.4.1.3
LokusKromosom 10 q21.1-24.3
Cari
StrukturSwiss-model
DomainInterPro
Glutamat dehidrogenase 2
Pengenal pasti
SimbolGLUD2
Simbol alternatifGLUDP1
Gen NCBI2747
HGNC4336
OMIM300144
RefSeqNM_012084
UniProtP49448
Other data
Nombor EC1.4.1.3
LokusKromosom X q25
Cari
StrukturSwiss-model
DomainInterPro

Rujukan

  1. ^ McKenna MC, Ferreira GC (2016). "Enzyme Complexes Important for the Glutamate–Glutamine Cycle". The Glutamate/GABA-Glutamine Cycle. Advances in Neurobiology. 13. m/s. 59–98. doi:10.1007/978-3-319-45096-4_4. ISBN 978-3-319-45094-0. PMID 27885627.
  2. ^ "Expression of the Escherichia coli glutamate dehydrogenase gene in the cyanobacterium Synechococcus PCC6301 causes ammonium tolerance". Plant Molecular Biology. 11 (3): 335–44. May 1988. doi:10.1007/BF00027390. PMID 24272346.
  3. ^ "Metabolite fingerprinting in transgenic Nicotiana tabacum altered by the Escherichia coli glutamate dehydrogenase gene". Journal of Biomedicine & Biotechnology. 2005 (2): 198–214. June 2005. doi:10.1155/JBB.2005.198. PMC 1184043. PMID 16046826.
  4. ^ a b "Glutamate dehydrogenase of the germinating triticale seeds: gene expression, activity distribution and kinetic characteristics". Acta Physiol. Plant. 33 (5): 1981–90. 2011. doi:10.1007/s11738-011-0801-1.
  5. ^ "Improved drought tolerance of transgenic Zea mays plants that express the glutamate dehydrogenase gene (gdhA) of E. coli". Euphytica. 156 (1–2): 103–116. 2007. doi:10.1007/s10681-007-9357-y.
  6. ^ Lightfoot DA (2009). "Genes for use in improving nitrogen use efficiency in crops". Dalam Wood, Andrew; Matthew A. Jenks (penyunting). Genes for Plant Abiotic Stress. Wiley-Blackwell. m/s. 167–182. ISBN 978-0-8138-1502-2.
  7. ^ "Determination of glutamate dehydrogenase activity and its kinetics in mouse tissues using metabolic mapping (quantitative enzyme histochemistry)". The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 62 (11): 802–12. November 2014. doi:10.1369/0022155414549071. PMC 4230541. PMID 25124006.
  8. ^ "Re-assessment of ammonium-ion affinities of NADP-specific glutamate dehydrogenases. Activation of the Neurospora crassa enzyme by ammonium and rubidium ions". The Biochemical Journal. 209 (2): 527–31. February 1983. doi:10.1042/bj2090527. PMC 1154121. PMID 6221721.
  9. ^ "Glutamic dehydrogenase. II. The effect of various nucleotides on the association-dissociation and kinetic properties". The Journal of Biological Chemistry. 234 (4): 815–20. April 1959. doi:10.1016/S0021-9258(18)70181-6. PMID 13654269.
  10. ^ "The unusual inhibition of glutamate dehydrogenase by guanosine di- and triphosphate". Biochimica et Biophysica Acta. 59 (2): 484–6. May 1962. doi:10.1016/0006-3002(62)90204-4. PMID 13895207.
  11. ^ Frieden C (1963). L-Glutamate Dehydrogenase, in The Enzymes, Vol VII. Academic Press. m/s. 3–24.
  12. ^ "Glutamate Dehydrogenase. VI. Survey of Purine Nucleotide and Other Effects on the Enzyme from Various Sources". The Journal of Biological Chemistry. 240 (5): 2028–35. May 1965. doi:10.1016/S0021-9258(18)97420-X. PMID 14299621.
  13. ^ "On the Nature of Allosteric Transitions: A Plausible Model". J Mol Biol. 12: 88–118. 1965. doi:10.1016/s0022-2836(65)80285-6. PMID 14343300.
  14. ^ "An effect of L-leucine and other essential amino acids on the structure and activity of glutamic dehydrogenase". Proc Natl Acad Sci U S A. 47 (7): 983–9. 1961. Bibcode:1961PNAS...47..983L. doi:10.1073/pnas.47.7.983. PMC 221313. PMID 13787322.
  15. ^ "Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase". Int J Mol Sci. 23 (19): 11306. 2022. doi:10.3390/ijms231911306. PMC 9570180 Check |pmc= value (bantuan). PMID 36232607 Check |pmid= value (bantuan).

Pautan luar

  • l
  • b
  • s
Protein mitokondrion
Membran luar
penguraian asid lemak
  • Karnitina palmitoiltransferase I
  • Ligase asid lemak rantai panjang-KoA
metabolisme triptofan
  • Kinureninase
metabolisme
neurotransmiter monoamine
Ruang antara membran
  • Adenilat kinase
  • Kreatina kinase
Membran dalam
pemfosforilan oksidaan
metabolisme pirimidina
  • Dihidroorotat dehidrogenase
pengulangalikan mitokondrion
  • Pengulang-alik malat-aspartat
  • Pengulang-alik gliserol fosfat
steroidogenesis
  • Enzim pemutus rantai sisi kolesterol
  • Steroid 11-beta-hidroksilase
  • Aldosteron sintase
lain-lain
  • Pengangkut glutamat aspartat
  • Gliserol-3-fosfat dehidrogenase
  • ATP sintase
  • Karnitina palmitoiltransferase II
  • Protein penyahganding
Matriks
kitaran asid sitrik
tindak balas anaplerotik
kitaran urea
  • Karbamoil fosfat sintetase I
  • Ornitina transkarbamilase
  • N-Asetylglutamat sintase
metabolisme alkohol
  • ALDH2
  • PMPCB
Lain-lain/akan dikelaskan
  • Frataksin
  • Protein pengangkut membran mitokondrion
    • Liang peralihan ketelapan mitokondrion
    • Pembawa mitokondrion
  • Protein translokasi
DNA mitokondrion
Kompleks I
  • MT-ND1
  • MT-ND2
  • MT-ND3
  • MT-ND4
  • MT-ND4L
  • MT-ND5
  • MT-ND6
Kompleks III
  • MT-CYB
Kompleks IV
  • MT-CO1
  • MT-CO2
  • MT-CO3
ATP sintase
  • MT-ATP6
  • MT-ATP8
tRNA
  • MT-TA
  • MT-TC
  • MT-TD
  • MT-TE
  • MT-TF
  • MT-TG
  • MT-TH
  • MT-TI
  • MT-TK
  • MT-TL1
  • MT-TL2
  • MT-TM
  • MT-TN
  • MT-TP
  • MT-TQ
  • MT-TR
  • MT-TS1
  • MT-TS2
  • MT-TT
  • MT-TV
  • MT-TW
  • MT-TY
lihat juga Penyakit mitokondrion
  • l
  • b
  • s
Kitaran
Anaplerotik
menjadi asetil-KoA
menjadi asid α-ketoglutarik
  • Glutamat dehidrogenase
menjadi suksinil-KoA
  • Metilmalonil-KoA mutase
menjadi asid oksaloasetik
  • Piruvat karboksilase
  • Aspartat transaminase
Mitokondria
rantaian pengangkutan elektron/
pemfosforilan oksidatif
Utama
  • Sintesis koenzim Q10: COQ2
  • COQ3
  • COQ4
  • COQ5
  • COQ6
  • COQ7
  • COQ9
  • COQ10A
  • COQ10B
  • PDSS1
  • PDSS2
Lain-lain
  • Oksidase alternatif
  • Dehidrogenase flavoprotein penghantar elektron
  • l
  • b
  • s
Metabolisme: Enzim metabolisme, sintesis dan katabolisme protein
Asid amino perlu ditulis huruf besar
Ketogenik
Asetil-KoA
LISINA
  • Sakaropina dehidrogenase
  • Glutaril-KoA dehidrogenase
LEUSINA
  • 3-Hidroksibutiril-KoA dehidrogenase
  • Aminotransferase asid amino berantai cabang
  • Kompleks dehidrogenase asid alfa-keto berantai cabang
  • Enoil-KoA hidratase
  • HMG-KoA liase
  • HMG-KoA reduktase
  • Isovaleril koenzim A dehidrogenase
  • α-Ketoisokaproat dioksigenase
  • Leusina 2,3-aminomutase
  • Metilkrotonil-KoA karboksilase
  • Metilglutakonil-KoA hidratase
TRIPTOFAN
  • Indolamina 2,3-dioksigenase/Triptofan 2,3-dioksigenase
  • Arilformamidase
  • Kinureninase
  • 3-hidroksiantranilat oksidase
  • Aminokarboksimukonat-semialdehid dekarboksilase
  • Aminomukonat-semialdehid dehidrogenase
FENILALANINAtirosina
  • (lihat di bawah)
Glukogenik
G→piruvat
sitrat
glisinaserina
  • Serina hidroksimetiltransferase
  • Serina dehidratase
alanina
  • Alanina transaminase
sisteina
  • D-sisteina desulfhidrase
treonina
  • L-treonina dehidrogenase
G→glutamat
α-ketoglutarat
HISTIDINA
  • Histidina ammonia-liase
  • Urokanat hidratase
  • Formiminotransferase siklodeaminase
prolina
  • Prolina oksidase
  • Pirolina-5-karboksilat reduktase
  • 1-Pirolina-5-karboksilat dehidrogenase/ALDH4A1
  • PYCR1
arginina
  • Ornitina aminotransferase
  • Ornitina dekarboksilase
  • Agmatinase
alfa-ketoglutarat→TCA
  • Glutamat dehidrogenase
Lain-lain
G→propionil-KoA→
suksinil-KoA
VALINA
  • Aminotransferase asid amino berantai cabang
  • Kompleks dehidrogenase asid alfa-keto berantai cabang
  • Enoil-KoA hidratase
  • 3-hidroksiisobutiril-KoA hidrolase
  • 3-hidroksiisobutirat dehidrogenase
  • Metilmalonat semialdehid dehidrogenase
ISOLEUSINA
  • Aminotransferase asid amino berantai cabang
  • Kompleks dehidrogenase asid alfa-keto berantai cabang
  • 3-hidroksi-2-metilbutiril-KoA dehidrogenase
METIONINA
TREONINA
  • Treonina aldolase
suksinil-KoA→TCA
  • Propionil-KoA karboksilase
  • Metilmalonil KoA epimerase
  • Metilmalonil-KoA mutase
G→fumarat
FENILALANINAtirosina
  • Fenilalanina hidroksilase
  • Tirosina aminotransferase
  • 4-Hidroksifenilpiruvat dioksigenase
  • Homogentisat 1,2-dioksigenase
  • Fumarilasetoasetat hidrolase
G→oksaloasetat
asparaginaaspartat
  • Asparaginase/Asparagina sintetase
  • Aspartat transaminase
  • l
  • b
  • s
Oksidoreduktase CH-NH2 (EC 1.4) - terutamanya oksidoreduktase asid amino
1.4.1: Penerima NAD/NADP
  • Glutamat dehidrogenase
    • GLUD1
    • GLUD2
  • Glutamat sintase (NADPH)
1.4.3: penerima oksigen
  • Oksidase asid D-amino
  • Amina oksidase (Berkandungan kuprum (Lisil
  • Diamina
  • Amina primer)) (Berkandungan flavin (Monoamina)))
1.4.4: penerima disulfida
  • Sistem pembelahan glisina
1.4.99: penerima lain
  • Oksidase asid D-amino
  • Amina dehidrogenase
  • l
  • b
  • s
Pemodulat metabolisme dan pengangkutan glutamat
Pengangkut
EAAT
  • Amfetamina
  • Asid aspartik (aspartat)
  • cis-ACBD
  • DHKA
  • Asid glutamik (glutamat)
  • HIP-A
  • HIP-B
  • Asid kainik
  • Asid L-(-)-threo-3-hidroksiaspartik
  • L-αAA
  • L-CCG-III ((2S,3S,4R)-CCG)
  • L-Serina-O-sulfat (SOS)
  • L-trans-2,4-PDC
  • MPDC
  • Asdi maslinik
  • SYM-2081
  • TBOA
  • TFB-TBOA
  • Teanina
  • threo-3-metilglutamik
  • UCPH-101
  • WAY-213,613
vGluT
  • 4-Metilena-L-glutamat
  • 6-(4'-Fenilstiril)-QDC
  • 6-Bifenil-4-yl-QDC
  • 7-CKA
  • Merah asid 114
  • Hitam amido 10B (biru hitam naftol)
  • Bafilomisin A1
  • Benzopurpurin 4B
  • Bumetamida
  • Biru langit Chicago 6B
  • Asid aspartik (aspartat)
  • DIDS
  • Biru Direct 71
  • Asid eritro-4-metil-L-glutamik
  • Biru Evans
  • Furosemida
  • Asid glutamik (glutamat)
  • Asid kinurenik
  • Nigerisin
  • NPPB (N144)
  • Ponceau SS
  • Biru reaktif 2
  • Ros Benggala
  • SITS
  • trans-ACDP
  • Biru tripan
  • Valinomisin
  • Asid xanturenik
Enzim
GAH
  • BPTES
  • CB-839
  • DON
AST
  • Asid 2-amino-3-butenoik
  • AAOA
  • AMB
  • β-DL-Metilena-aspartat
  • Hidrazinosuksinat
ALT
  • β-Kloro-L-alanina
  • L-Sikloserina
  • Propargilglisina
GDH
  • AAOA
  • Bitionol
  • Klorokuina
  • EGCG
  • GTP
  • GW5074
  • Heksaklorofena
  • Hidroksilamina
  • Palmitoil-KoA
  • Piridoksal fofsat
GS
  • Asid 2-aminoadipik
  • JFD01307SC
  • Metionina sulfoksimina
  • Fosfinotrisin (glufosinat)
GAD
  • Asid 3-merkaptopropionik
  • AAOA
  • L-Alilglisina
  • Semikarbazida
Lihat juga: Pemodulat reseptor/pengisyaratan • Pemodulat reseptor glutamat ionotropik • Pemodulat reseptor glutamat metabotropik • Pemodulat metabolisme dan pengangkutan GABA